1 - Siga os passos do tutorial da própria Omie acessando este link.
2 - Com o usuário de perfil administrador acesse as configurações e depois "integrações".
3 - Clique na opção "Omie".
4 - Clique em + Adicionar configuração e selecione a loja
5 - Preencha as informações solicitadas
6 - Pronto! A sua instância está integrada à Omie. Qualquer dúvida basta nos acionar no suporte!